Винты были только что купленные и не особенно забитые. Форматировал перед установкой ОС. Фрагментация тут существенной роли играть не может, т.к. работало всё с одним и тем же набором данных. Если система и не возвращалась к исходной ситуации, то расхождения были минимальны.