При таких раскладах вариантов хватает.
Я правильно понял, что тормозило и до скрипта, просто ты не замечал?
Сервак виртуальный, может глупо не хватать иопсов на всех.
Тысячи файлов, фрагментация MFT как дикий лол.
Правда индексация выключена? :)

Сейчас перечитал - всё хранится в одной папке. Не это ли ^зла?